Qırğızıstan, Mərkəzi Asiyada, Çin Xalq Respublikasının qərbində quruyla çevrili bir ölkədir. Orta Asiyanın yeni müstəqil ölkələrinin ən kiçiyi olan Qırğızıstan, təxminən 198,500 kvadrat kilometrlik sahəylə Türkiyə Respublikasının Şərqi Anadolu bölgəsi ilə eyni böyüklükdədir. Milli torpaqları təxminən şərqdən qərbə 900 kilometr, şimaldan cənuba 410 kilometr halında çatmaqdadır.

Qırğızıstan, cənub-şərqdə Çin Xalq Respublikası, şimalda və qərbdə Qazaxıstan, cənubda və qərbdə də Özbəkistan və Tacikistan ilə həmsərhəddir. Orta Asyaın Stanilist hissəninin beş respublikaya ayrılmasının bir nəticəsi olaraq çox sayda etnik Qırğız, Qırğızıstanda yaşamamaqdadır. Hukuken Qırğızıstan torpaqlarının bir parçası ancaq coğrafi olaraq buradan bir neçə kilometr uzaqda ikisi Özbəkistanda biri Tacikistanda ollan üç əhatə edilmiş bölgə tanınmaqdadır.

Qırğızıstan ərazisində bir arada milli torpaqların %65'ini işğal etməkdə olan Tanrı və Pamir Dağları sistemləri hökm sürməkdədir. Tanrı Dağları sisteminin Alay sahəsi hissəsni, ölkənin cənub-qərbindən şərqinə doğru aypara şəklində hökm sürməkdədir və ana Tian Shan sahəsi şərqdə Çin Xalq Respublikası içinə girərək Sincan Uyğur Avtonom Bölgesiına çatmadan əvvəl, cənub Qırğızıstan və Çin Xalq Respublikası arasındakı sərhəd boyunca irəliləyər. Qırğızıstanın ortalama rakımı 7.439 metrlik Jengish Chokusu Təpəsi ilə Oş yaxınındakı 394 metrlik Fergana Vadisi arasında 2.750 metrdir. Ölkənin dərhal dərhal %90'ı dəniz səviyyəsinə görə 1500 metrdən daha yüksəkdədir.