İskəndər Cəfərov 30 dekabr 1940-cı ildə İmişli rayonunun Əlipənahlı kəndində anadan olub. 1957-ci ildə rayonun Sarxanlı kənd orta məktəbini bitirib və Bakı Dövlət Universitetinin Fizika-riyaziyyat fakültəsinə qəbul olunub. 1962-ci ildə ali məktəbi fərqlənmə diplomu ilə bitirdikdən sonra M.V.Lomonosov adına Moskva Dövlət Universitetinin (MDU) Fizika fakültəsinin aspiranturasına daxil olub. O, məşhur sovet fiziki A.A.Sokolovun elmi rəhbərliyi altında nəzəri fizika sahəsində tədqiqatlar aparıb.^[1][2][3]

İsgəndər Cəfərov 1966-cı ilin mayında MDU-nun nəzəri və riyazi fizika üzrə ixtisaslaşmış Elmi Şurasında "Polyarizələnmiş zərrəciklərlə aparılan təcrübələrdə kompleks elektromaqnit formfaktorlarının təyini və birfotonlu yaxınlaşmanın tətbiq hüdudunun müəyyənləşdirilməsi imkanları" mövzusunda namizədlik dissertasiyası müdafiə edərək fəlsəfə doktoru elmi dərəcəsi alıb.^[1][2][3]

İsgəndər Cəfərov 1979-cu ildə M.V.Lomonosov adına MDU-da "Kalibrlənən SU(2)xU(1)-modellər və elementar zərrəciklərin zəif qarşılıqlı təsiri" mövzusunda doktorluq dissertasiyası müdafiə edərək fizika-riyaziyyat elmləri doktoru elm­lər dok­toru elmi dərəcəsini alıb. 1979-cu ildə professor elmi adını alan İsgəndər Cəfərov 2014-cü ildə fizika ixtisası üzrə AMEA-nın müxbir üzvü seçilib.^[1][2][3]

İsgəndər Cəfərov Moskvada namizədlik dissertasiyası müdafiə edib Bakıya qayıtdıqdan sonra Azərbaycan Politexnik İnstitutunun (indiki Azərbaycan Texniki Universiteti) fizika kafedrasında baş müəllim kimi əmək fəaliyyətinə başlayıb. Belə ki, Cəfərov 1966-1969-cu illərdə həmin universitetdə baş müəllim vəzifəsində çalışıb. Daha sonra 1969-cu ildə müsabiqə yolu ilə Azərbaycan Elmlər Akademiyasının Fizika İnstitutunun nüvə fizikası laboratoriyasında baş elmi işçi vəzifəsinə və az sonra həmin laboratoriyanın müdiri (1969-1985) vəzifəsinə təyin olunub.^[1][2][3]

Alim 1985-1989-cu illərdə Naxçıvan Dövlət Pedaqoji İnstitutunun rektoru vəzifəsini icra edib. Naxçıvanda elm və təhsilin inkişafındakı xidmətlərinə görə İsgəndər Cəfərov dəfələrlə Ali Sovetin fəxri fərmanı ilə təltif edilib. 1989-cu ilin sonunda öz xahişi ilə Naxçıvan Dövlət Pedaqoji İnstitutunun rektoru vəzifəsindən azad edilib və ADPİ-nin Fizika fakültəsinin dekanı vəzifəsinə seçilib. 1989-1995-ci illərdə Azərbaycan Dövlət Pedaqoji Universitetinin Fizika fakültəsinin dekanı kimi fəaliyyət göstərən Cəfərov 1995-ci ildən ömrünün sonunadək Azərbaycan Dövlət Pedaqoji Universitetinin Nəzəri fizika kafedrasının müdiri vəzifələrində çalışıb.^[1][2][3]

İsgəndər Cəfərovun elmi tədqiqatının əsasnı elektromaqnit və zəif qarşılıqlı təsirlərin vahid nəzəriyyəsi üzrə işlər təşkil edir. O, zərrəciklərin elektrozəif qarşılıqlı təsirlərinin SU(2)xU(1) və digər simmetriya qruplarına əsaslanan vahid nəzəriyyəsinin bir sıra variantını irəli sürüb. İsgəndər Cəfərov 173 elmi əsərin müəllifidir. Onun rəhbərliyi altında 6 fəlsəfə doktoru, 2 elm­lər doktoru və onlarla magistr dissertasiyası hazırlanıb. Professor İsgəndər Cəfərov elementar zərrəciklər nəzəriyyəsi sahəsində elmi məktəb yaradıb.^[1][3]

İsgəndər Cəfərov 2012-ci ildə Əməkdar elm xadimi adına layiq görülüb.^[1] Həmçinin gənc alimlərlə fəal işinə görə Təhsil Nazirliyinin fəxri fərmanları, təşəkkürləri və "Qabaqcıl Təhsil İşçisi" döş nişanı ilə təltif edilib. O, ADPU Elmi Şurasının 2010-cu il 9 yanvar tarixli qərarı ilə 2008-2009-cu tədris ilində təbiət elmləri üzrə "İlin müəllimi" müsabiqəsinin qalibi olub.^[2]