İnstitutda aşağıdakı istiqamətlərdə fundamental nəzəri və tətbiqi elmi tədqiqat işləri yerinə yetirilir:

• İdarəetmənin nəzəri və tətbiqi problemləri;

• Süni intellekt texnologiyaları;

• Sosial-iqtisadi sistemlərin tədqiqi.

Azərbaycanda Kibernetika sahəsində ilk tədqiqatlar 1952-ci ildə AEA-dakı Neft ekspedisiyası nəzdində Elektromodelləşdirmə laboratoriyasında başlanmışdır. 1952–1953-cü illərdən bu laboratoriyada quraşdırılmış şəbəkə modellər maşını neft ıaylarındakı müxtəlif proseslərin modelləşdirilməsi, süzülmə nəzəriyyəsi və neft yataqlarının əlverişli işlənməsi məsələləri həll edilirdi.

Neft ekspedisiyasının yenidən təşkili ilə əlaqədar olaraq Laboratoriya 1956-cı ildə Elmlər Akademiyasının Fizika və Riyaziyyat, 1958-ci ildə isə Riyaziyyat və Mexanika İnstitutunun tərkibinə daxil edilmiş və Hesablama mərkəzi adlandırılmışdır. 1959–1960-cı illərdə Azərbaycana ilk universal rəqəmli elektron maşınları ‒ "Ural-1" ,"BESM-2" gətirildikdən sonra ədədi üsullar, proqramlaşdırma, alqoritmlər yaradılması və ümumiyyətlə xalq təsərrüfat əhəmiyyətli səciyyəvi məsələlərin həlli sahəsində fəaliyyət başlandı və tezliklə xeyli sürətləndi.

1960-cı ildə isə Hesablama Mərkəzi müstəqil təşkilat kimi təsdiq edilmişdir. 1965-ci ildə Hesablama Mərkəzinin əsasında Kibernetika İnstitutu yaradılmışdır.

1971-ci ildə İnstitutun nəzdində təsərrüfat hesablı "Avtomatlaşdırılmış İdarəetmə Sistemləri" şöbəsi (2002-ci ildə müstəqil İnformasiya Texnologiyaları İnstitutuna çevrildi) yaradılmışdır. Kibernetika İnstitutu "Respublika Avtomatlaşdırılmış İdarəetmə Sisteminin" yaradılması üzrə baş təşkilat təyin olunmuşdu.

2014-cü ildə Nazirlər Kabinetinin qərarı ilə institutun adı dəyişdirilərək "İdarəetmə Sistemləri İnstitutu" adlandırılmışdır.

• 1952–1965-ci illərdə: t.e.d., professor Səid Əmiraslan oğlu Ələsgərov,
• 1965–1970-ci illərdə: akademik Əşrəf İsgəndər oğlu Hüseynov,
• 1970–1988-ci illərdə: akademik Cəlal Eyvaz oğlu Allahverdiyev,
• 1988–2020-ci illərdə: akademik Telman Abbas oğlu Əliyev,
• 2021-ci il tarixdən: Baş direktor texnika elmləri doktoru, professor, akademik Əli Məhəmməd oğlu Abbasov.

• Azərbaycan Respublikası Elm və Təhsil Nazirliyi
• Elm və Ali Təhsil üzrə Dövlət Agentliyi (Azərbaycan)
• Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası