Sultan Əhməd dövrünün Hələb qazısı olan Sunullah Əfəndinin oğludur. Anası Əmir Sultanın şəcərəsindən olduğu üçün bəzi mənbələrdə Seyid ünvanıyla anılır. İlk təhsilini atasından aldıqdan sonra İstanbula gələrək dövrün üləmasından dini təhsil almışdır. Ardından 1627-ci ilin oktyabrında Nişançı Mehmed Paşa mədrəsəsinə müdərris təyin olundu və 1640-cı ilin sentyabrına qədər müxtəlif mədrəsələrdə fəaliyyət göstərdi.

Daha sonra qazılığa keçdi və 1641-ci ilin oktyabrında Saloniki qazısı oldu. 1646-cı ilin avqustunda Hələb, 1647-ci ilin yanvarında Qahirə qazılığına gətirildi. 1649-cu ildə isə İstanbul qazısı seçildi. 12 avqust 1650-ci ildə bu vəzifəsindən ayrıldı və uzun müddət dövlət vəzifələrindən uzaq qaldı. Dövrün tarixçiləri o illər haqqında danışarkən Mehmed Əmin Əfəndinin adını tez-tez işlədir. Belə ki, 1653-cü ilin siyasi böhranları əsnasında dövrün şeyxülislamı olan Bahai Mehmed Əfəndi, uşaqlıq dostu olduğu Mehmed Əmin Əfəndiyə Anadolu başqazılığa vəd etmiş, ancaq bu vədini yerinə yetirə bilməmişdir. Nəhayət, 24 sentyabr 1654-cü ildə Anadolu başqazılığına gətirilən Mehmed Əmin Əfəndi 1655-ci ilin avqustunda təqaüdə ayrıldı. Ancaq 2 il sonra 1657-ci ilin mayında Rumeli başqazısı təyin edilsə də, 1658-ci ilin aprelində vəzifədən ayrıldı. 1661-ci ildə ikinci dəfə Rumeli başqazısı seçildi və 3 fevral 1662-ci ildə sədrəzəmlə rəqabət aparan Əsir Mehmed Əfəndinin vəzifədən alınmasıyla şeyxülislamlığa gətirildi.

Dövrün qaynaqlarında Mehmed Əmin Əfəndi haqqında bir çox mənfi rəylər yazılsa da, 21 noyabr 1662-ci ildə vəzifədən alınmasının əsas səbəbi olduqca yaşlı olması idi. Bundan başqa o illərdə təhlükəli hal alan Məlamiyyə təriqəti üzvləri haqqında verdiyi fətvalar da vəzifədən alınma səbəbi olaraq göstərilə bilər.

Seyid Mehmed Əmin Əfəndi 1665-ci ilin iyulunda Beşiktaşdakı köşkündə vəfat etdi. Məzarı Üsküdardakı Mahmud Hüdayi həzrətlərinin dərgahındadır.

• Naîmâ, Târih, V, 19, 131, 244, 352–356, 428;
• Silâhdar, Târih, I, 229;
• Şeyhî, Vekāyiu’l-fuzalâ, I, 316–318;
• La‘lîzâde Abdülbâki, Sergüzeşt: Aşka ve Âşıklara Dair, Melâmî Büyükleri (haz. Tahir Hafızalioğlu), İstanbul 2001, s. 57;
• Sicill-i Osmânî, IV, 175;
• İlmiyye Salnâmesi, s. 481–482;
• Uzunçarşılı, Osmanlı Tarihi, III/2, s. 478;
• Danişmend, Kronoloji2, V, 129;
• Abdülkadir Altunsu, Osmanlı Şeyhülislâmları, Ankara 1972, s. 92;
• Mehmet Nermi Haskan, Yüzyıllar Boyunca Üsküdar, İstanbul 2001, I, 91–92, 106;
• Mehmet İpşirli, "Üsküdar’da Medfun Şeyhülislâmlar", Üsküdar Sempozyumu IV: Bildiriler (ed. Coşkun Yılmaz), İstanbul 2007, II, 447–448;
• "Melâmiyye", DİA, XXIX, 32