Отец его был казаком местечка Гельмязов Переяславского полка. Лизогуб принимал живое участие в междоусобицах, начавшихся со смертью Хмельницкого, и в 1662 году Сомко поставил его каневским полковником. В 1665 году Лизогуб, будучи генеральным есаулом, разбил гетмана Яблуновского в битве под Белой Церковью и ходил против казаков. В 1667 году он ездил посланцем от гетмана в Москву, где пожалован был от царя дворянством «за многие службы».

После смерти Брюховецкого Лизогуб стал горячим сторонником Дорошенка и был послан им на левый берег Днепра уговаривать народ переходить на сторону правобережного гетмана. Занимая продолжительное время полковничий уряд, Лизогуб стал очень популярен; это внушило опасения Дорошенко, который и сместил Лизогуба с полковничества, назначив его генеральным есаулом. Недовольный этим, Лизогуб стал склоняться на сторону Самойловича и в 1674 году, сдав ему и князу Григорию Ромодановскому Канев, перешел на левый берег Днепра. Но Самойлович не мог доставить Лизогубу каневского полковничества, чего ему очень хотелось, и он, оставшись без должности, стал устраивать своё хозяйство, заняв для него пустые земли под Конотопом. Соседом его здесь был будущий гетман Мазепа.

В 1687 году Лизогуб был в Крымском походе, в котором у Коломака был низложен Самойлович и на его место избран Мазепа, причем в числе лиц, подписавших обвинения против Самойловича, был и Лизогуб. Новый гетман тут же поставил Лизогуба черниговским полковником на место сына Самойловича — Григория. За участие во втором Крымском походе (1689) Лизогуб щедро был награждён Мазепою, получив от него два больших села. В 1694 году он ходил за гетмана с двадцатью тысячами казаков на Буджак и в 1695 году зимовал на Днепре «для бережения от татар». Особенно отличился Лизогуб при взятии в 1696 году Азова, когда он был наказным гетманом. Это участие Лизогуба сделало его известным Петру, который, сообщая о взятии Азова патриарху, хвалил Лизогуба, «мужа в добродетели и искусного в военных трудах». «Черниговская же летопись» взятие этого города приписывает одному Лизогубу. Черниговским полковником Лизогуб пробыл до своей смерти. Погребен в черниговском Елецком монастыре вблизи и слева от алтаря Успенского собора, рядом погребён и сын его Евфимий.

• Модзалевский В. Л. Лизогуб, Яков Кондратьевич // Русский биографический словарь : в 25 томах. — СПб.—М., 1896—1918.

• Киевская Старина, т. І, стр. 101—125; т. XI, стр. 539—542.
• Летопись Величка, т. III.
• Летопись Грабянки.
• Летопись Самовидца.
• Соловьев, «История России», кн. III.
• Лазаревский, «Описание старой Малороссии», т. II, стр. 185, 186, 203, 219, 233, 316, 452.
• «Сборник Летописей, относящихся к истории южной и западной Руси», стр. 23, 32, 37, 38, 40, 41, 42.
• В. Эйнгорн, «Очерки из истории Малороссии в XVII в.», т. І, стр. 333, 410, 411, 912, 913.
• Черниговская летопись по новому списку, стр. 21.
• П. М. Добровольский, «Черниговский Елецкий Успенский первоклассный монастырь», Чернигов, 1900, стр. 114.
• Памятники, изданные Киевской археографической комиссией, т. II, отд. І, стр. 227; т. III, отд. 3, стр. 378.
• «Симбирский Сборник», стр. 95, 114, 135.
• «Генеральное следствие о маетностях черниговского полка».
• «Акты Ю. и З. России», т. V, стр. 125, 159; т. VІ, стр. 162; т. IX, стр. 161, 181; т. XI, стр. 162.
• В. Л. Модзалевский, «Малороссийский родословник», 1912 г., стр. 96—98, 264, 593, 594, 750.