Родился в Белграде, в семье инженера-строителя Александра Милутиновича и искусствоведа Любицы Милутинович (урождённой Йокич). Окончил юридический факультет Белградского университета (1965). С 1969 по 1971 год был членом президиума Союза социалистической молодёжи Югославии, отвечал за международные отношения. Член Союзной скупщины с 1969 по 1974 год, член комитета по внешней политике. Был председателем городского комитета Союза коммунистов Врачара и член городского комитета СКЮ Белграда. С 1974 по 1977 год секретарь по идеологии горкома СКЮ в Белграде.

Министр образования, науки и спорта Республики Сербия (1977—1982), затем заведующий Национальной библиотекой Сербии (1983—1987).

С 1987 года работник МИДа, сначала глава департамента прессы, информации и культуры, а с 1989 по 1995 год — посол в Греции. В 1995 году назначен министром иностранных дел, на этом посту принимал активное участие в переговорах, по итогам которых было подписано Дейтонское соглашение, один из авторов итоговых документов. Также подписал несколько соглашений с соседней Хорватией, в том числе соглашение о нормализации отношений^[3].

После недостаточной явки на выборах президента Сербии в декабре 1997 года Социалистическая партия заменила кандидата в президенты Зорана Лилича и выдвинула Милутиновича, который победил Воислава Шешеля во втором туре 21 декабря 1997 года, набрав 2 177 462 голосов (59,18 %)^[4]. В 1999 году Социалистическая партия выдвинула его на повторных президентских выборах в качестве преемника Слободана Милошевича на посту президента Югославии.

В должности президента Милутинович не смог стяжать популярности и приобрёл репутацию «бесцветного», ни во что не вмешивающегося руководителя. Был участником переговоров по Косово в Рамбуйе (Франция) в 1999 году. В конце 2000 года отказался поддержать подавление октябрьских протестов оппозиции в Белграде и выстроил хорошие отношения с новым правительством.

По окончании срока был обвинён Гаагским трибуналом в массовых убийствах и депортациях в Косово и Метохии, виновным себя не признал^[5]. После истечения срока президентского мандата перенёс операцию на открытом сердце, затем добровольно сдался международному суду в Гааге в январе 2003 года^[6]. Был «временно освобождён» в апреле 2005 года. В феврале 2009 года Милутиновича оправдали по всем пунктам обвинительного заключения, так как было доказано, что он не имел прямого контроля над армией. Он стал вторым сербом (после Мирослава Радича, оправданного в 2007 году), с которого были сняты все обвинения в преступлениях во время Югославских войн.

Супруга — Ольга Милутинович (урождённая Спасоевич) (1949—2017, в браке с 1970, учительница французского языка)^[7]. От этого брака есть сын Велько (род. 1979).

Скончался 2 июля 2023 года на 81-м году жизни^[8].

• Объективный подход. Гаагский трибунал оправдал Милана Милутиновича
• FACTBOX — Who is Milan Milutinovic? Архивировано 1 февраля 2013 года. (англ.)
• Нисам огорчен и осветољубив човек (серб.)